Az EDI modulok fő konfigurációja jellemzően három terület körül forog: kommunikációs interoperabilitás, adatfeldolgozás és üzleti együttműködés. Ez biztosítja az üzleti adatok stabil és pontos cseréjét a különböző vállalati rendszerek között. A gyakorlatban ezek a konfigurációk általában egy integrációs platformon vagy köztes szoftveren belül készülnek, és a különböző partnerek igényei szerint testreszabhatók.
A kommunikációs réteg konfigurációja az interoperabilitási módszer és a biztonsági paraméterek beállítására összpontosít, például olyan átviteli protokollok használatával, mint az AS2, SFTP vagy VAN hálózatok. Ezenkívül mindkét kommunikáló fél azonosítási információinak (Partner ID), tanúsítványainak, titkosítási módszereinek és aláírási szabályainak konfigurálása szükséges az adatok biztonságának és integritásának biztosítása érdekében az átvitel során. Ezenkívül az üzenetsor beállításai, az újrapróbálkozási mechanizmusok és az időtúllépési szabályok is ebbe a szakaszba tartoznak, amelyeket az átvitel megbízhatóságának javítására használnak.
Az adat- és üzleti konfiguráció főként üzenettípus-definíciókat, mezőleképezési szabályokat és formátumkonverziós szabályokat tartalmaz. Az adatstruktúrák gyakran különböznek a vállalatok között, ezért leképezési konfigurációkra van szükség a belső rendszermezők EDI szabvány mezőire való leképezéséhez. Az üzleti indító szabályok is konfigurálva vannak, például a rendelés generálása, a szállítmány visszacsatolása vagy az egyeztetési ciklusok, amelyek lehetővé teszik az EDI adatcsere beágyazását bizonyos üzleti folyamatokba.