Az EDI-modulok jellemzően több kulcsfontosságú komponensből állnak, amelyek együtt szabványosítják és automatizálják a vállalatok közötti adatátvitelt. Általánosságban elmondható, hogy adatkonverziós rétegre, kommunikációs átviteli rétegre, üzleti leképezési rétegre és rendszerintegrációs rétegre oszthatók, amelyek mindegyike megvan a maga felelőssége.
Az adatkonverziós és leképezési modul az EDI egyik alapvető összetevője. Felelős a belső vállalati rendszerekből származó nyers adatok (például ERP vagy CRM adatok) szabványos formátumoknak megfelelő EDI üzenetekké alakításáért, mint például az EDIFACT vagy ANSI X12. Ezzel egyidejűleg a külső partnerektől származó adatok fordított elemzéséért is felelős, és azokat a vállalat belső rendszerei által felismerhető strukturált adatokká alakítja. A mezőleképezési szabályok és az adatellenőrzési szabályok döntő szerepet játszanak ebben a folyamatban.
A kommunikációs és átviteli modul elsősorban az EDI üzenetek biztonságos továbbításáért felelős a különböző vállalkozások között. Az általános módszerek közé tartoznak a VAN-hálózatok, az AS2-protokollok vagy az API{2}}alapú átviteli módszerek. Ez a modul jellemzően üzenetsorokat, újrapróbálkozási mechanizmusokat és átviteli állapotfigyelést is tartalmaz, hogy megbízható adattovábbítást biztosítson még összetett hálózati környezetekben is.
A rendszerintegrációs és -felügyeleti modul az EDI képességek beágyazására szolgál a vállalat meglévő üzleti rendszereibe. Jellemzően mélyen integrálva van az ERP, WMS vagy ellátási lánc menedzsment rendszerekkel, hogy automatizálja az üzleti folyamatokat, például a rendelésfeldolgozást, a szállítást és az egyeztetést. Ez a modul egyúttal naplózási, kivételkezelési és megfigyelési funkciókat is biztosít, megkönnyítve a vállalkozások adatcsere folyamatainak nyomon követését és kezelését.